NCIS: Origins dizi özetinde, 1991 yılında geçen hikâyede Leroy Jethro Gibbs, NCIS’e yeni atanmış bir özel ajan olarak kariyerine adım atar. Camp Pendleton’daki yeni kurulan ofiste, efsanevi Mike Franks’in liderliğinde çalışmaya başlayan Gibbs, zorlu görevler ve beklenmedik tehlikeler arasında hem kendi yolunu çizer hem de gelecekteki NCIS efsanesinin temellerini atar.