Japonya'da 1600 yılında geçen hikayede, Lord Yoshii Toranaga, Naipler Konseyi'ndeki düşmanları ona karşı birleştiği için hayatı uğruna savaşmaktadır. Tam da bu kritik zamanda, yakınlardaki bir balıkçı köyünde gizemli bir Avrupa gemisi karaya oturur. Bu beklenmedik olay, Toranaga'nın kaderini ve Japonya'nın geleceğini değiştirecek büyük bir mücadelenin fitilini ateşler. Shogun, feodal Japonya'nın çalkantılı dönemini, güç savaşlarını, onuru ve yabancı bir kültürün ülkeye girişini destansı bir dille anlatıyor. Dizi, iktidar için verilen acımasız mücadeleleri, siyasi entrikaları ve kültürel çatışmaları nefes kesici görsellerle ve derin karakter analizleriyle işliyor. Karaya oturan geminin kaptanı Blackthorne'un Japonya'ya gelişi, hem Toranaga'ya yeni bir müttefik mi, yoksa yeni bir düşman mı getireceği sorusunu akla getirirken, ülkenin kaderini belirleyecek olaylar zincirini başlatır. Shogun, izleyiciyi samurayların, ninjaların ve daimyo'ların hüküm sürdüğü bu çalkantılı döneme sürükleyerek, Japonya'nın en önemli dönüm noktalarından birine tanıklık etme fırsatı sunuyor.