Shogun, 17. yüzyıl Japonya’sında kaderi bambaşka bir dünyada yeniden yazılan İngiliz denizci John Blackthorne’un etkileyici hikayesini konu alıyor. Gemisinin kaza geçirmesiyle Japonya kıyılarına sürüklenen Blackthorne, yabancı ve tehlikeli bir kültürün içinde hayatta kalmaya çalışırken zamanla samuray gelenekleri, siyasi entrikalar ve güç mücadeleleriyle tanışır. Japon lider Toranaga’nın iktidar basamaklarını tırmanma savaşında önemli bir koz haline gelen Blackthorne, sadakat, onur ve hayatta kalma arasında zorlu seçimler yapmak zorunda kalır.
